上海市儿童医院是一所集医疗、保健、教学、科研、康复于一体的三级甲等儿童医院，前身是由我国著名儿科专家富文寿及现代儿童营养学创始人苏祖斐等前辈于1937年创办的上海难童医院，1953年更名为上海市儿童医院，2003年成为上海交通大学附属儿童医院。医院占地面积1.59公顷，建筑面积约2.5万平方米，实际开放床位370张，职工850余人，年门诊量约100万人次，年住院病人约2万人次，年手术例数约9000人次。位于普陀区长风生态商务区的新院已于2010年底动工，占地面积约39亩，核定床位550张。

医院拥有中国工程院院士1名、博士生导师9名、硕士生导师26名，拥有高级职称专家百余名。医院设有儿科类全部专业，优势特色专科有重症医学科、新生儿科、肾脏风湿科、呼吸科、血液科、消化科、心脏内科、神经内科、普外科、胸心外科、神经外科、骨科、泌尿外科、耳鼻咽喉头颈外科、儿童保健科、皮肤科、中医科、口腔科、康复科等。医院也是上海医学遗传研究所、上海市儿童保健所、上海市儿童急救中心、上海市新生儿筛查中心、上海市儿童康复中心、上海交通大学先天性泌尿生殖系畸形外科疾病诊治中心、上海交通大学儿童呼吸道感染性疾病诊治中心所在地。擅长对儿童血尿、川崎病、晕厥、婴幼儿黄疸、新生儿缺氧缺血性脑病、哮喘、肿瘤、癫痫、性早熟、学习困难、泌尿系畸形、先心病、骨骼畸形、耳鼻咽喉疾病等专科疾病的诊治。在疑难杂症的诊治上更积累了丰富的经验，是国内首家成功开展连体婴儿分离术的儿童专科医院。

医院是上海交通大学医学院的临床教学基地，设有博士、硕士专业点及博士后流动站。承担医学、护理等专业的带教任务。每年举办国家级、市级继续教育学习班。接受全国各地的进修医生和护士。医院对外交流频繁，与美国、俄罗斯、加拿大、奥地利、日本、新加坡、韩国、英国等国的医疗机构有合作项目。

随着普陀新院的建设拉开序幕，医院将继续传承七十多年的历史文化，牢记“厚德、慈爱、敬业、创新”院训，秉承“为儿童服务就是幸福”的宗旨，努力打造一所充满活力、追求卓越、为儿童所热爱的儿童医院。

近年来医院承担了国家“863”、“973” 重点攻关项目、国家重大专项课题项目、国家自然科学基金项目、教育部及上海市科委基金项目、上海市卫生局及申康医院管理中心科研项目以及国际合作科研项目等的研究工作。多人次获得教育部“新世纪人才”计划、“上海市浦江计划”、“上海市曙光计划”和“上海市启明星”计划。以著名科学家曾溢滔院士领衔的上海医学遗传研究所始终瞄准本学科的国际前沿，近40次荣获国家、部委和上海市的重大成果奖励，重要科研成果曾在国际权威医学杂志《自然》等上发表。

作为上海市文明单位，上海市儿童医院多次获得爱国卫生先进单位、无烟医院和绿色医院等光荣称号。

医院仪器设备先进，拥有双排螺旋CT、数字胃肠机、心血管造影仪、1250毫安X线机、血透仪、全自动生化仪、全自动血培养仪、变态反应检测仪、彩色超声诊断仪、多台多功能进口呼吸机、双壁分帘式早产儿培养箱、新生儿早产护救监护台、进口麻醉机、心脏运动平板机、消化道内窥镜、肺功能测定仪、脑血流仪等。