甘肃省医学科学研究院、甘肃省肿瘤医院为两院一体的领导体制。是集医疗、科研、教学、肿瘤防治、卫生信息化建设为一体的医学科研及肿瘤防治机构。为三级甲等专科医院、全省第一批省属重点科研院所、兰州大学附属肿瘤研究中心、兰州大学生物学甘肃省联合培养研究生示范基地、甘肃省重离子束治疗肿瘤临床研究基地、国家博士后科研工作站、甘肃省医保、新农合定点医院。

医科院始建于1972年。经过几十年的奋斗，已发展成为拥有省肿瘤研究所、省肿瘤防办、省抗癌协会、省肿瘤登记中心、省放射治疗研究中心、省乳腺病诊治中心、头颈肿瘤诊治中心、医学生物技术研究中心、分析实验中心、药理毒理检测中心、分子生物学研究中心、肿瘤流行病研究中心、省医学信息研究所、《甘肃医药》编辑部的科研、医疗机构。其中中药化学实验室、中药药理实验室、中药分析实验室为国家中医药管理局三级实验室。甘肃省临床医学中心1个，药物临床试验机构(GCP)1个，省卫生厅重点学科4个，省重点中医专科1个。临床科室开放病床1200张,国务院特贴专家3人, 省级领军人才及厅级领军人才10人;省级优秀专家3人,省“333”、“555”科技人才工程5人，省卫生厅中青年学术技术带头人21人，省科技厅学科带头人2人，院聘首席专家4人,博士、硕士80余人。

利用这些设备, 在科研方面形成了以医学生物工程、中医药现代化、健康相关产品检测、科研成果转化、流行病学研究等为优势;在临床方面形成了以外科为龙头，放疗为特色、内科为基础，病理为保障，辅助检查为支撑的以手术、放疗、化疗、生物治疗为中心的多学科综合治疗体系。

目前，全院上下齐心协力，为把我院建成甘肃一流、西北知名的肿瘤医院和科研院所而努力奋斗。

近十年来,共承担各级科研项目200余项,取得科技成果126项,获奖成果8 0项,其中省(部)级抖技进步奖17 项,省医学科技进步奖46项,省皇甫谧奖5项,兰州市科技进步奖10 项。获国家专利20项。承担并完成国家“十五”攻关计划项目、国家自然科学基金项目甘肃省重大科技研发项目及省级各类科研项目57项。在国内外核心期刊及SCI发表论文700余篇。

连续四年在省卫生厅组织的全省医疗质量督查中取得前三名的优异成绩。先后获得了全国“百姓放心医院”活动达标医院、全国卫生系统行风建设先进单位、全国“百姓放心示范医院”、全国医院文化建设先进集体、甘肃省级文明单位等。

拥有各种国际先进、国内领先的大中型科研、医疗设备，如：德国西门子直线加速器，国产直线加速器，头、颈、体部X刀及全身立体定向放射治疗系统，高精度模拟定位机，后装治疗机，微波热疗机，高频热疗机，激光疼痛治疗机，德国超声刀、氩气刀，德国西门子螺旋CT，德产CR，800MA遥控床X光机，500MA遥控床X光机，大型C臂血管造影机，DSA数字减影床，德国诊断X线机，血液病百级层流病房等。