第二军医大学附属长海医院创建于1949年，是一所集医疗、教学、科研为一体的现代化大型综合性医院。

医院占地23.4万平方米，建筑面积68万平方米，其中工作用房17.6万平方米，生活用房10万平方米，实现了医疗区、教学科研区、生活区三区分离。现拥有病房大楼、科技大楼、医技楼、第二医技楼、胸心疾病诊治大楼、门急诊楼、影像诊断中心楼、感染科楼、康宾楼、生殖研究中心楼、制剂楼等布局合理、设施先进的医疗建筑群，以及供病人休息的“怡园”、“馨园”等环境优雅、景色怡人的场所。医院设有科室49个，展开床位1800余张。拥有一批国内外知名的专家教授和中青年技术骨干。医院现有博士点25个、硕士点40个，并设博士后流动站4个。每年完成医疗、药学、护理等专业和外国留学生共3000多名学生的教学任务。

医院特色明显，60年代以来先后形成肝胆外科、胸心外科、烧伤外科、创伤外科、血液内科、消化内科等特色学科。目前拥有国家级重点学科15个，全军专科研究所、中心13个，全军重点实验室2个，上海市临床医学中心2个，上海市医学质控中心3个，上海市示范学科1个，现为全军、全国临床药理基地。部分研究项目具有国际先进水平。医院注重高新技术的创新和运用，在脑血管病防治、血管外科、影像诊断、X线刀、微波治疗、腹腔镜手术、“细胞刀”治疗帕金森病、整形整容、准分子激光近视手术、钬激光治疗泌尿系结石、肛肠疾病诊治、放射治疗、介入治疗、基因治疗、创伤救治、房间隔缺损封堵、颈椎脊柱病诊治、中晚期肝癌的中西医结合治疗及血液净化等方面各展所长，形成了新的特色。2008年，全院门急诊量突破170万人次，出院病人5.3万人次，完成手术2.6万例次。医护质量稳步提高，发表论文、中标科研基金和科研成果历年来保持全国各大医院领先水平。创办了《中华胰腺病杂志》和《药学服务与研究》两本期刊。

2012年度医院科研医疗成果：泌尿外科孙颖浩领衔的《前列腺癌诊疗体系的创新及其关键技术的应用》获国家科技进步一等奖，烧伤科夏照帆领衔的《烧伤相关肺损伤系统控制技术的研究与应用》获国家科技进步二等奖，泌尿外科孙颖浩领衔的《肾癌外科治疗与肾癌转移机制的研究》获上海市科技进步一等奖，胸心外科徐志云领衔的《新型人造心脏瓣膜和瓣膜外科新技术的研究和应用》获军队医疗成果一等奖，普外六科景在平领衔的《腔内微创治疗主动脉夹层的临床研究》获教育部科学技术进步一等奖，整形外科邢新领衔的《眼睑重建与下睑成形临床研究》获军队医疗成果二等奖，药材科高申领衔的《水凝胶释药关键技术及其产业化》获上海市科技进步二等奖。

1993年首批评为三级甲等医院。1998年荣膺全国百佳医院称号。连续13届获上海市“文明单位”称号。

医院设备先进，拥有正电子发射计算机断层显像设备(PET)、超高档螺旋CT3台、核磁共振(MRI)3台、数字减影仪(DSA)4台、核素扫描仪(ECT)、直线加速器、高压氧舱、准分子激光治疗仪、激光手术刀、全自动生化分析仪及重症监护系统等现代化诊疗设备。