同济大学附属口腔医院前身为上海铁道医学院甘泉医院口腔门诊部，于1987年12月正式对外服务，早于甘泉医院开诊。1994年5月，因上海铁道学院与上海铁道医学院合并成上海铁道大学，甘泉医院口腔门诊部升格为上海铁道大学口腔医院。2000年5月，又因上海铁道大学与同济大学合并成新同济大学，上海铁道大学附属口腔医院因此更名为同济大学附属口腔医院。

医院拥有中高级口腔医学专业技术人员近百人，教授、主任医师、副教授、副主任医师占30%。博士生导师近10人、硕士生导师20余人，其中不少是国内外著名的口腔医学专家。硕士、博士学历人员达专业技术人员的80%。拥有国家授予的口腔临床医学博士学位授权点，和口腔医学一级学科硕士学位授权点。

医院在口腔种植修复、疑难全口义齿修复、前牙固定美容修复、儿童龋齿防治、青少年及成人牙列不齐的矫治、成人龋病与牙周病的治疗、口腔粘膜病的中西医结合治疗、呼吸睡眠暂停综合症的口腔治疗、心血管疾病患者心电监护拔牙、三叉神经病的综合治疗、口腔颌面整形美容等方面均处于国内领先地位,住院部设置病床20张，能全面开展各种口腔颌面部手术。

历经近二十年的艰苦创业，口腔医院从简易的口腔门诊部发展到拥有住院部、门诊部、急诊部、口腔医学研究所的今天，几代人为此付出辛勤的劳动，我们要感谢那些为我院口腔医学发展付出艰辛劳动的前辈们。事业尚须发展，我辈尚须努力，让我们携起手来，共创我院明天的辉煌。

医院承担留学生、博士生、硕士生、本科生等多层次的教育培养任务,主持国家自然科学基金项目9项，获得国家、省部级科技及教学成果奖十余项,是《口腔颌面外科杂志》、《牙齿保健之友》等专业性杂志的主办单位。

2006年获得上海市专科医院病人满意度调查第一名，多次被评为上海市卫生系统及同济大学精神文明单位。

医院拥有从德国、瑞典、美国、意大利、日本、丹麦等国进口的消毒设备及牙科综合治疗椅115台，以及牙科CT机、全景X光机、超精密牙科铸造机、全电脑控制牙科烤瓷机等口腔专用的国内外先进医疗设备。