上海市针灸经络研究所的前身是上海市针灸研究所(1958年成立)和上海市经络研究所(1964年成立)。1971年针灸研究所、龙华医院、经络研究所合并成立上海市中医研究所。1980年上海市针灸经络研究所恢复成立。2002年为了促进科研与临床的紧密结合，上海市针灸经络研究所与岳阳医院合并。

上海市针灸经络研究所(简称针研所)是上海中医药研究院和上海中医药大学下属研究机构，也是我国最早建立、规模最大的针灸专业研究机构之一。早在50年代，针研所运用针灸治疗耳聋取得一定成效，获得卫生部嘉奖。60年代，针研所与上海市第一肺结核病院合作应用针刺麻醉肺叶切除手术获得成功。1965年 12月针刺麻醉临床研究成果通过国家科委鉴定，得到毛泽东、周恩来等国家领导人的重视和赞扬，从而掀起全国性的针麻热潮，进而引起世界性的“针灸热”，针麻的研究成果对针灸学、麻醉学、外科学以及神经生理学的发展都产生了重要的推动作用。70年代，针研所研究的循经感传、针刺“得气”的结构与传导、交叉循环、经络与脉管等课题成果，引起了国内外同行的瞩目。80年代以来，在针灸免疫领域内处于国内领先地位，在针灸治疗甲状腺病、类风湿性关节炎、肿瘤、哮喘、肺结核、溃疡性结肠炎、艾灸抗衰老、糖尿病和膀胱尿道疾病，针法(项从刺、骶髂刺、子午流注)灸法(化脓灸、隔物灸、穴位敷贴)等方面研究取得了较大进展。

针研所，历经几代人传承创新，现是针灸推拿学国家重点(培育)学科建设单位、国家973计划项目首席科学家单位、上海市针灸推拿学重点学科带头人单位和建设单位，具有一支在临床、教学、科研等方面能力较强的针灸专业技术队伍。拥有国家中医药管理局针灸免疫效应重点研究室，3个国家中医药管理局三级实验室(针灸免疫实验室、针灸分子生物学实验室和脑神经生物实验室)，1名上海市名中医、2个“名中医工作室”，1个上海市特色专科和2个上海中医药大学特色专科。

针研所的主要任务是充分运用现代科学知识和方法，研究针灸临床治病的规律及其作用原理，针灸文献的研究，继承和发扬我国传统针灸医学。设有针灸免疫研究室、针灸神经泌尿研究室、针灸文献研究室、《上海针灸杂志》/《针灸推拿医学》编辑部。

针研所是承担针灸博士、硕士研究人才的培养机构，已培养针灸学博士50余名，硕士100余名，出站博士后5名。同时，是中国针灸学会实验分会、上海针灸学会针法灸法专业委员会、文献专业委员会、实验针灸专业委员会挂靠单位。承办了《上海针灸杂志》、《针灸推拿医学》(英文版)杂志。

针研所1959年起设立门诊部。第一门诊部在北京东路342号(国华大楼)，第二门诊部则是位于青海路的“公费医疗第五门诊部”的针灸科。开设专科门诊和一般门诊，门诊特色有子午流注、头痛、漏肩风、杂病、高血压、眼科、小儿麻痹症、遗尿、痹症、甲亢、精神病、妇科、聋哑针灸治疗。1971年门诊并入中医研究所临床部(原龙华医院)，亦为龙华医院针灸门诊。1989年在宛平南路650号所内设立独立门诊。

目前医疗门诊部开设“针灸科”、“推拿科”、“中医内科”和“康复科”，以及“特需门诊”，为“上海市城镇职工基本医疗保险定点医疗机构”、“中国上海国际针灸培训中心临床实习基地”。近年来针研所对免疫、内分泌、神经、运动、心血管、消化、泌尿、生殖等系统疾病的针灸疗效机制进行深入研究。对针刺治疗某些免疫性、内分泌性疾病和各种疼痛性疾病有明显效果。临床上逐步形成以针灸为主结合中西药、现代针灸仪器等综合手段治疗中风后遗症、溃疡性结肠炎、慢性排尿障碍(尿道综合症、尿失禁)、耳鸣耳聋、肠易激综合征、帕金森氏病、震颤麻痹、脑萎缩、颈腰椎病、肥胖症等的业务特色。

拥有1名上海市名中医陈汉平教授，2个“名中医工作室”陈汉平名中医工作室、赵粹英名中医工作室。2004年经市卫生局批准“中医针灸溃疡性结肠炎专科” 为上海市特色专科，尿道综合症专科、中医针灸溃疡性结肠炎专科为上海中医药大学特色专科，以上2项目均为国家中医药管理局向全国推广项目。

1980年至今承担国家973计划项目课题3项，国家自然科学基金课题50余项，部市局级课题100余项，获各类科技奖70余项，其中部市级25项以上。在隔药饼灸治疗溃疡性结肠炎的临床及机理研究、艾灸对细胞免疫的调节作用研究、针刺治疗支气管哮喘与皮质激素关系的研究、针灸神经刺激疗法治疗尿道综合征的机理和临床应用研究、针灸文献的计算机检索与分析等多项研究获部市级科技奖处于国内领先地位。

针研所在针灸流派的传承、挖掘、研究方面也做出了不懈努力，是上海市针灸学术流派传承研究中心。“陆氏针灸疗法”，2009年被列为“上海市非物质文化遗产名录项目”，2010年被列为”国家级非物质文化遗产名录推荐项目。

拥有针灸免疫研究室(国家中医药管理局三级实验室)，针灸神经、泌尿研究室，针灸文献研究室，及针灸中药效应研究联合实验室.