大学第二医院是卫生部部管，教育部部属大型综合性教学医院，原名白求恩医科大学第二临床学院，创建于1948年，其前身是始建于1936年的伪满洲国新京特别市立医院，栉风沐雨几度更名，于1978年8月正式定名为白求恩医科大学第二临床学院。2000年6月五校合并改名为大学第二医院。

医院占地面积65725平方米，建筑面积115863.6平方米。2008年门急诊量达70万人次，住院病人近5万人次，其中手术病人2.2万人次。医院医疗、科研力量雄厚、人员梯队合理。每年承担国家、卫生部及省市重大科研课题近百项，而且还承担大学临床医学专业、妇幼卫生专业、口腔医学专业本科生和成人教育学院、护理学院等学生的临床教学任务，现有具有高级职称医护人员253人，有96名硕士生导师，27名博士生导师。医院现设有38个临床科室，12个医技科室，15个教研室，拥有病床1740张。省呼吸病研究所、省围产医学研究中心等10余个省级研究中心均设在二院，以其精湛的医疗技术，担负着全省的医疗会诊任务。是卫生部临床药理基地和卫生部国际紧急救援中心网络医院。

妇产科、眼科、皮肤科、基本外科及耳鼻喉科是省、大学重点临床科室;心血管外科完成的世界首例冠状动脉右室瘘的瘘口修补加右冠状动脉成形术和国内首例双极射频消融改良MazeⅣ手术治疗房颤的病例，均达到了世界先进水平，在省内完成首例本省医生主刀的心脏移植手术：一期完成主动脉瓣和二尖瓣膜置换，三尖瓣膜成形，心房血栓清除，冠状动脉搭桥及双极射频治疗房颤的复杂手术治疗。在省内率先独立开展冠脉搭桥手术，包括常规体外循环下冠脉搭桥术，非体外循环心脏跳动下冠脉搭桥术等等。

2006年——2008年共发表科技学术论文1815篇，其中被SCI收录的科技学术论文37篇;纵向课题191项，其中国家自然科学基金13项，“863”子课题1项，“973”子课题1项;横向课题33项。

获全省卫生系统抗震救灾模范集体、省赴四川地震灾区抢险救援先进集体、全省卫生系统巾帼文明示范岗、全省卫生系统“青年文明号手”创建活动优秀组织奖、全国卫生系统青年文明岗、全国卫生系统青年文明岗、全省医德建设标兵单位、大学“三育人”工作先进单位等荣誉。

医院的仪器设备有核磁共振机、数字减影机、64排螺旋CT机、眼科准分子激光曲光系列矫正仪、全国领先的NT系列内镜图像显示仪、彩色多普勒、眼科玻璃体切割机、激光视网膜脉络膜造影系统、全自动生化分析仪、直线加速器、钴60 放射治疗机等大型仪器设备300余台件。