首都儿科研究所的前身是中国医学科学院儿科研究所，成立于1958年，是新中国第一家以医学基础研究、儿科疾病发病机理研究、儿童保健为重点，承担有医疗、教学和预防任务的应用医学研究机构。研究所于1983年隶属北京市，1986年建立附属儿童医院。

2010年门急诊量达182万人次，日最高门急诊量为5869人次，年出院病人1.4万余人次，年手术7248例。

研究所和附属儿童医院地处北京市朝阳区雅宝路2号，占地面积28815平方米，建筑面积10万余平方米。全所院现有员工1200余人，其中专业技术人员占84%，具有高级专业技术职称的有120余人。所内有国家级和市级突出贡献专家7人，享受政府特殊津贴的专家22人。

研究所是国务院学位委员会批准的儿科硕士、儿科博士学位授权单位，现有博士生、硕士生导师40余名。

医院小儿呼吸专业是北京市重点扶持学科，中华儿科呼吸学组牵头单位，市儿科呼吸道疾病诊治中心;小儿哮喘防治中心始建于八十年代中期，现居全国领先水平，牵头制定的我国儿童哮喘防治方法被列入卫生部全国“科技成果推广项目”;心血管内科先后获得部、市级科研成果一、二等奖，4次牵头制定了国内小儿病毒性心肌炎的诊断标准与治疗方法;ICU最早在国内开展了机械通气，率先采用肺表面活性物质治疗新生儿急性呼吸衰竭，抢救成功率为86.17%;新生儿内科承担国家科技部缺氧缺血性脑病攻关课题，在新生儿疾病的诊治方面积累了丰富的经验，病房每年收治近千名新生儿患者;血液科每年收治大量血液病患儿，先后开展自体与异体干细胞移植、骨髓干细胞培养，目前巨核细胞培养相关研究居国内先进水平;神经内科参与的课题“儿童失神癫痫基因研究”获中华医学成果一等奖，在癫痫儿童生活质量及心理干预的研究、小儿智力-运动发育迟缓的病因诊断等方面居国内领先地位;新生儿外科率先提出的先天性巨结肠早期诊断、早期治疗的原则得到国内同行认可，应用呼吸器和呼吸道持续正压技术对食管闭锁患儿进行围手术期呼吸管理，使存活率由30%提高到78%;外科先后开展腹腔镜手术治疗先天性胆道闭锁、肝脏肿瘤、巨结肠、肾积水、腹膜后肿物百余例，胸腔镜治疗漏斗胸、先天性膈疝、纵膈肿瘤等疾病。微创手术治疗婴幼儿消化道畸形项目获得全国首届宋庆龄医学奖。

2011年所获荣誉：北京青年健康使者火炬行动优秀志愿服务集体、北京青年健康使者火炬行动优秀志愿者服务项目、北京青年健康使者火炬行动组织贡献奖、北京市卫生局五四红旗团委荣誉、北京市卫生局五四红旗团支部荣誉称号(医技支部)。

2010年：首都卫生系统文明单位;北京市无偿献血先进单位;首都卫生青年原创博文大赛优秀组织奖;北京市卫生系统优秀网站奖;北京市卫生系统优秀政务信息单位;北京市卫生系统第六届乒乓球比赛优秀组织奖;北京市卫生局“五四红旗团支部”(行政-基础团支部、临床一支部);北京市卫生局人口和计划生育工作先进集体;北京市卫生局日常报表工作先进单位(院财务);北京市卫生局年度决算工作一等奖(院财务);朝阳区共建文明单位;朝阳区和谐共建先进党组织;朝阳区按比例安置残疾人就业工作贡献单位;朝阳区交通安全先进单位;顺义区安全生产先进单位;义区交通安全先进单位。

医院拥有核磁、CT、CR、DR、彩超、动态心电、脑电、肌电检查系统、自动生化分析仪、内窥镜等多种先进的大型医疗检查、诊断设备。